ศาลภาษีอากร มีอำนาจพิจารณาพิพากษาคดีแพ่งในเรื่องต่อไปนี้

1. คดีอุทธรณ์คำวินิจฉัยของเจ้าพนักงานหรือคณะกรรมการตามกฎหมายเกี่ยวกับภาษีอากร
2. คดีพิพาทเกี่ยวกับสิทธิเรียกร้องของรัฐในหนี้ค่าภาษีอากร
3. คดีพิพาทเกี่ยวกับการขอคืนค่าภาษีอากร
4. คดีพิพาทเกี่ยวกับสิทธิหรือหน้าที่ตามข้อผูกพันซึ่งได้ทำขึ้นเพื่อประโยชน์แก่การจัดเก็บภาษีอากร
5. คดีที่มีกฎหมายบัญญัติให้อยู่ในอำนาจศาลภาษีอากร